新疆第二医学院开设的专业有：临床医学、麻醉学、口腔医学、中西医临床医学、药学、医学检验技术、医学影像技术、卫生检验与检疫、护理学、信息管理与信息系统、公共事业管理等，具体完整专业见下表。
| 新疆第二医学院开设专业一览表 | |||
| 序号 | 专业名称 | 专业大类 | 专业类型 |
|---|---|---|---|
| 1 | 临床医学 | 临床医学类 | 本科 |
| 2 | 麻醉学 | 临床医学类 | 本科 |
| 3 | 口腔医学 | 口腔医学类 | 本科 |
| 4 | 中西医临床医学 | 中西医结合类 | 本科 |
| 5 | 药学 | 药学类 | 本科 |
| 6 | 医学检验技术 | 医学技术类 | 本科 |
| 7 | 医学影像技术 | 医学技术类 | 本科 |
| 8 | 卫生检验与检疫 | 医学技术类 | 本科 |
| 9 | 护理学 | 护理学类 | 本科 |
| 10 | 信息管理与信息系统 | 管理科学与工程类 | 本科 |
| 11 | 公共事业管理 | 公共管理类 | 本科 |
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