福建生物工程职业技术学院开设的专业有：药学、生物制药技术、药品经营与管理、药品生产技术、康复治疗技术、中医康复技术、医疗器械维护与管理、中医养生保健、中药学、智慧健康养老服务与管理、中小企业创业与经营、健康管理、护理、食品质量与安全、生物产品检验检疫、食品检验检测技术等，具体完整专业见下表。
| 福建生物工程职业技术学院包含院系和开设专业 | ||
|---|---|---|
| 院系名单 | 专业名称 | 本专科 |
| 药学系 | 药学 | 专科 |
| 生物制药技术 | 专科 | |
| 药品经营与管理 | 专科 | |
| 药品生产技术 | 专科 | |
| 康复保健系 | 康复治疗技术 | 专科 |
| 中医康复技术 | 专科 | |
| 医疗器械维护与管理 | 专科 | |
| 中药系 | 中医养生保健 | 专科 |
| 中药学 | 专科 | |
| 健康管理系 | 智慧健康养老服务与管理 | 专科 |
| 中小企业创业与经营 | 专科 | |
| 健康管理 | 专科 | |
| 护理 | 专科 | |
| 健康食品系 | 食品质量与安全 | 专科 |
| 生物产品检验检疫 | 专科 | |
| 食品检验检测技术 | 专科 | |
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